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This function extracts timed edgelists for objects of class netdx into a data frame using the generic as.data.frame function.

Usage

# S3 method for class 'netdx'
as.data.frame(x, row.names = NULL, optional = FALSE, sim, ...)

Arguments

x

An EpiModel object of class netdx.

row.names

See as.data.frame.default.

optional

See as.data.frame.default.

sim

The simulation number to output. If not specified, then data from all simulations will be output.

...

See as.data.frame.default.

Value

A data frame containing the data from x.

Examples

# Initialize and parameterize the network model
nw <- network_initialize(n = 100)
formation <- ~edges
target.stats <- 50
coef.diss <- dissolution_coefs(dissolution = ~offset(edges), duration = 20)

# Model estimation
est <- netest(nw, formation, target.stats, coef.diss, verbose = FALSE)
#> Starting maximum pseudolikelihood estimation (MPLE):
#> Obtaining the responsible dyads.
#> Evaluating the predictor and response matrix.
#> Maximizing the pseudolikelihood.
#> Finished MPLE.

# Simulate the network with netdx
dx <- netdx(est, nsims = 3, nsteps = 10, keep.tedgelist = TRUE,
            verbose = FALSE)
#> Warning: NAs introduced by coercion to integer range
#> Warning: NAs introduced by coercion to integer range
#> Warning: NAs introduced by coercion to integer range

# Extract data from the first simulation
as.data.frame(dx, sim = 1)
#>    onset terminus tail head onset.censored terminus.censored duration edge.id
#> 1      0        7    1   18          FALSE             FALSE        7       1
#> 2      0        5    1   62          FALSE             FALSE        5       2
#> 3      0        2    2   58          FALSE             FALSE        2       3
#> 4      0        1    2   88          FALSE             FALSE        1       4
#> 5      0        6    3   24          FALSE             FALSE        6       5
#> 6      0       11    3   90          FALSE              TRUE       11       6
#> 7      0       11    4   98          FALSE              TRUE       11       7
#> 8      0       11    5   13          FALSE              TRUE       11       8
#> 9      0       10    7   76          FALSE             FALSE       10       9
#> 10     0        4    8   51          FALSE             FALSE        4      10
#> 11     0        4   10   69          FALSE             FALSE        4      11
#> 12     0        6   10  100          FALSE             FALSE        6      12
#> 13     0       11   11   29          FALSE              TRUE       11      13
#> 14     0        3   11   66          FALSE             FALSE        3      14
#> 15     0       11   12   67          FALSE              TRUE       11      15
#> 16     0       11   16   44          FALSE              TRUE       11      16
#> 17     0       11   17   63          FALSE              TRUE       11      17
#> 18     0        4   18   48          FALSE             FALSE        4      18
#> 19     0       11   18   90          FALSE              TRUE       11      19
#> 20     0       11   18   94          FALSE              TRUE       11      20
#> 21     0       11   20   96          FALSE              TRUE       11      21
#> 22     0       11   21   63          FALSE              TRUE       11      22
#> 23     0       11   21   84          FALSE              TRUE       11      23
#> 24     0       11   22   23          FALSE              TRUE       11      24
#> 25     0       11   24   32          FALSE              TRUE       11      25
#> 26     0       11   27   89          FALSE              TRUE       11      26
#> 27     0       11   28   45          FALSE              TRUE       11      27
#> 28     0        1   29   68          FALSE             FALSE        1      28
#> 29     0       11   30   57          FALSE              TRUE       11      29
#> 30     0       11   30   73          FALSE              TRUE       11      30
#> 31     0       11   32   41          FALSE              TRUE       11      31
#> 32     0       11   32   46          FALSE              TRUE       11      32
#> 33     0       11   32   53          FALSE              TRUE       11      33
#> 34     0       11   32   66          FALSE              TRUE       11      34
#> 35     0        9   35   40          FALSE             FALSE        9      35
#> 36     0       11   35   88          FALSE              TRUE       11      36
#> 37     0       11   37   38          FALSE              TRUE       11      37
#> 38     0       11   37   62          FALSE              TRUE       11      38
#> 39     0       10   37   93          FALSE             FALSE       10      39
#> 40     0       11   38   41          FALSE              TRUE       11      40
#> 41     0       11   38   49          FALSE              TRUE       11      41
#> 42     0        2   38   62          FALSE             FALSE        2      42
#> 43     0       11   41   99          FALSE              TRUE       11      43
#> 44     0        6   42   78          FALSE             FALSE        6      44
#> 45     0       11   43   93          FALSE              TRUE       11      45
#> 46     0       11   44   69          FALSE              TRUE       11      46
#> 47     0       11   49   88          FALSE              TRUE       11      47
#> 48     0       11   52   78          FALSE              TRUE       11      48
#> 49     0       11   57   83          FALSE              TRUE       11      49
#> 50     0       10   68   97          FALSE             FALSE       10      50
#> 51     0        7   74   83          FALSE             FALSE        7      51
#> 52     0       11   74  100          FALSE              TRUE       11      52
#> 53     0        1   89   93          FALSE             FALSE        1      53
#> 54     0       11   90   91          FALSE              TRUE       11      54
#> 55     0        2   91   99          FALSE             FALSE        2      55
#> 56     0        5   93   97          FALSE             FALSE        5      56
#> 57     1        6   41   93          FALSE             FALSE        5      57
#> 58     1       10    9   86          FALSE             FALSE        9      58
#> 59     2       11   38   99          FALSE              TRUE        9      59
#> 60     2       11   39   99          FALSE              TRUE        9      60
#> 61     2       10   29   36          FALSE             FALSE        8      61
#> 62     3       11   38   94          FALSE              TRUE        8      62
#> 63     4       11   21   82          FALSE              TRUE        7      63
#> 64     4       11   75   90          FALSE              TRUE        7      64
#> 65     4       11   42   89          FALSE              TRUE        7      65
#> 66     4       11   12   28          FALSE              TRUE        7      66
#> 67     5        8   60   73          FALSE             FALSE        3      67
#> 68     6       11   12   83          FALSE              TRUE        5      68
#> 69     6       11   26   81          FALSE              TRUE        5      69
#> 70     7        8   58   62          FALSE             FALSE        1      70
#> 71     7       11    1   61          FALSE              TRUE        4      71
#> 72     7       11   32   69          FALSE              TRUE        4      72
#> 73     7       11   57   97          FALSE              TRUE        4      73
#> 74     7       11   54   75          FALSE              TRUE        4      74
#> 75     8       11   74   96          FALSE              TRUE        3      75
#> 76     8       11   33   97          FALSE              TRUE        3      76
#> 77     8       11   10   21          FALSE              TRUE        3      77
#> 78     8       11    6   79          FALSE              TRUE        3      78
#> 79     9       11   88   94          FALSE              TRUE        2      79
#> 80    10       11    5   92          FALSE              TRUE        1      80

# Extract data from all simulations
as.data.frame(dx)
#>     sim onset terminus tail head onset.censored terminus.censored duration
#> 1     1     0        7    1   18          FALSE             FALSE        7
#> 2     1     0        5    1   62          FALSE             FALSE        5
#> 3     1     0        2    2   58          FALSE             FALSE        2
#> 4     1     0        1    2   88          FALSE             FALSE        1
#> 5     1     0        6    3   24          FALSE             FALSE        6
#> 6     1     0       11    3   90          FALSE              TRUE       11
#> 7     1     0       11    4   98          FALSE              TRUE       11
#> 8     1     0       11    5   13          FALSE              TRUE       11
#> 9     1     0       10    7   76          FALSE             FALSE       10
#> 10    1     0        4    8   51          FALSE             FALSE        4
#> 11    1     0        4   10   69          FALSE             FALSE        4
#> 12    1     0        6   10  100          FALSE             FALSE        6
#> 13    1     0       11   11   29          FALSE              TRUE       11
#> 14    1     0        3   11   66          FALSE             FALSE        3
#> 15    1     0       11   12   67          FALSE              TRUE       11
#> 16    1     0       11   16   44          FALSE              TRUE       11
#> 17    1     0       11   17   63          FALSE              TRUE       11
#> 18    1     0        4   18   48          FALSE             FALSE        4
#> 19    1     0       11   18   90          FALSE              TRUE       11
#> 20    1     0       11   18   94          FALSE              TRUE       11
#> 21    1     0       11   20   96          FALSE              TRUE       11
#> 22    1     0       11   21   63          FALSE              TRUE       11
#> 23    1     0       11   21   84          FALSE              TRUE       11
#> 24    1     0       11   22   23          FALSE              TRUE       11
#> 25    1     0       11   24   32          FALSE              TRUE       11
#> 26    1     0       11   27   89          FALSE              TRUE       11
#> 27    1     0       11   28   45          FALSE              TRUE       11
#> 28    1     0        1   29   68          FALSE             FALSE        1
#> 29    1     0       11   30   57          FALSE              TRUE       11
#> 30    1     0       11   30   73          FALSE              TRUE       11
#> 31    1     0       11   32   41          FALSE              TRUE       11
#> 32    1     0       11   32   46          FALSE              TRUE       11
#> 33    1     0       11   32   53          FALSE              TRUE       11
#> 34    1     0       11   32   66          FALSE              TRUE       11
#> 35    1     0        9   35   40          FALSE             FALSE        9
#> 36    1     0       11   35   88          FALSE              TRUE       11
#> 37    1     0       11   37   38          FALSE              TRUE       11
#> 38    1     0       11   37   62          FALSE              TRUE       11
#> 39    1     0       10   37   93          FALSE             FALSE       10
#> 40    1     0       11   38   41          FALSE              TRUE       11
#> 41    1     0       11   38   49          FALSE              TRUE       11
#> 42    1     0        2   38   62          FALSE             FALSE        2
#> 43    1     0       11   41   99          FALSE              TRUE       11
#> 44    1     0        6   42   78          FALSE             FALSE        6
#> 45    1     0       11   43   93          FALSE              TRUE       11
#> 46    1     0       11   44   69          FALSE              TRUE       11
#> 47    1     0       11   49   88          FALSE              TRUE       11
#> 48    1     0       11   52   78          FALSE              TRUE       11
#> 49    1     0       11   57   83          FALSE              TRUE       11
#> 50    1     0       10   68   97          FALSE             FALSE       10
#> 51    1     0        7   74   83          FALSE             FALSE        7
#> 52    1     0       11   74  100          FALSE              TRUE       11
#> 53    1     0        1   89   93          FALSE             FALSE        1
#> 54    1     0       11   90   91          FALSE              TRUE       11
#> 55    1     0        2   91   99          FALSE             FALSE        2
#> 56    1     0        5   93   97          FALSE             FALSE        5
#> 57    1     1        6   41   93          FALSE             FALSE        5
#> 58    1     1       10    9   86          FALSE             FALSE        9
#> 59    1     2       11   38   99          FALSE              TRUE        9
#> 60    1     2       11   39   99          FALSE              TRUE        9
#> 61    1     2       10   29   36          FALSE             FALSE        8
#> 62    1     3       11   38   94          FALSE              TRUE        8
#> 63    1     4       11   21   82          FALSE              TRUE        7
#> 64    1     4       11   75   90          FALSE              TRUE        7
#> 65    1     4       11   42   89          FALSE              TRUE        7
#> 66    1     4       11   12   28          FALSE              TRUE        7
#> 67    1     5        8   60   73          FALSE             FALSE        3
#> 68    1     6       11   12   83          FALSE              TRUE        5
#> 69    1     6       11   26   81          FALSE              TRUE        5
#> 70    1     7        8   58   62          FALSE             FALSE        1
#> 71    1     7       11    1   61          FALSE              TRUE        4
#> 72    1     7       11   32   69          FALSE              TRUE        4
#> 73    1     7       11   57   97          FALSE              TRUE        4
#> 74    1     7       11   54   75          FALSE              TRUE        4
#> 75    1     8       11   74   96          FALSE              TRUE        3
#> 76    1     8       11   33   97          FALSE              TRUE        3
#> 77    1     8       11   10   21          FALSE              TRUE        3
#> 78    1     8       11    6   79          FALSE              TRUE        3
#> 79    1     9       11   88   94          FALSE              TRUE        2
#> 80    1    10       11    5   92          FALSE              TRUE        1
#> 81    2     0       11    1   10          FALSE              TRUE       11
#> 82    2     0        2    2   97          FALSE             FALSE        2
#> 83    2     0        5    4   18          FALSE             FALSE        5
#> 84    2     0       11    4   41          FALSE              TRUE       11
#> 85    2     0        2    5   36          FALSE             FALSE        2
#> 86    2     0       11    5   45          FALSE              TRUE       11
#> 87    2     0        3    6   13          FALSE             FALSE        3
#> 88    2     0       11    6   63          FALSE              TRUE       11
#> 89    2     0        3    7   45          FALSE             FALSE        3
#> 90    2     0        4    8   29          FALSE             FALSE        4
#> 91    2     0        2    9   38          FALSE             FALSE        2
#> 92    2     0       11   11   75          FALSE              TRUE       11
#> 93    2     0        3   13   41          FALSE             FALSE        3
#> 94    2     0       11   16   88          FALSE              TRUE       11
#> 95    2     0       11   16   91          FALSE              TRUE       11
#> 96    2     0       11   22   55          FALSE              TRUE       11
#> 97    2     0       11   23   49          FALSE              TRUE       11
#> 98    2     0        2   25   51          FALSE             FALSE        2
#> 99    2     0        8   27   57          FALSE             FALSE        8
#> 100   2     0       11   28   77          FALSE              TRUE       11
#> 101   2     0        6   32   57          FALSE             FALSE        6
#> 102   2     0        7   34   52          FALSE             FALSE        7
#> 103   2     0       11   36   55          FALSE              TRUE       11
#> 104   2     0       11   37   87          FALSE              TRUE       11
#> 105   2     0       11   38   52          FALSE              TRUE       11
#> 106   2     0       11   39   87          FALSE              TRUE       11
#> 107   2     0       11   44   49          FALSE              TRUE       11
#> 108   2     0       11   47   93          FALSE              TRUE       11
#> 109   2     0        3   51   99          FALSE             FALSE        3
#> 110   2     0       11   52   69          FALSE              TRUE       11
#> 111   2     0       11   54   97          FALSE              TRUE       11
#> 112   2     0       11   63   96          FALSE              TRUE       11
#> 113   2     0       11   64   75          FALSE              TRUE       11
#> 114   2     0        2   67   68          FALSE             FALSE        2
#> 115   2     0       11   73   89          FALSE              TRUE       11
#> 116   2     0       11   73  100          FALSE              TRUE       11
#> 117   2     0       11   74   91          FALSE              TRUE       11
#> 118   2     0        6   76   77          FALSE             FALSE        6
#> 119   2     0        3   79   99          FALSE             FALSE        3
#> 120   2     0       10   81  100          FALSE             FALSE       10
#> 121   2     0       11   83  100          FALSE              TRUE       11
#> 122   2     0       11   87   98          FALSE              TRUE       11
#> 123   2     0       11   92   96          FALSE              TRUE       11
#> 124   2     0        3   92  100          FALSE             FALSE        3
#> 125   2     0       11   97   98          FALSE              TRUE       11
#> 126   2     1       11    1  100          FALSE              TRUE       10
#> 127   2     1       11   62   93          FALSE              TRUE       10
#> 128   2     1       11   58   62          FALSE              TRUE       10
#> 129   2     2       10   61   97          FALSE             FALSE        8
#> 130   2     2        7   52   65          FALSE             FALSE        5
#> 131   2     2       11   48   95          FALSE              TRUE        9
#> 132   2     3       11    8   53          FALSE              TRUE        8
#> 133   2     3       11   63   99          FALSE              TRUE        8
#> 134   2     3        7   54   61          FALSE             FALSE        4
#> 135   2     3        5    1   31          FALSE             FALSE        2
#> 136   2     4       11   15   17          FALSE              TRUE        7
#> 137   2     4        9   57   99          FALSE             FALSE        5
#> 138   2     5       11   24   53          FALSE              TRUE        6
#> 139   2     5       11   19   72          FALSE              TRUE        6
#> 140   2     6        7   24   85          FALSE             FALSE        1
#> 141   2     6       11   65   97          FALSE              TRUE        5
#> 142   2     6       11   44   65          FALSE              TRUE        5
#> 143   2     6       11    3    5          FALSE              TRUE        5
#> 144   2     7       11   26   66          FALSE              TRUE        4
#> 145   2     8       11   16   83          FALSE              TRUE        3
#> 146   2     8       11   22   73          FALSE              TRUE        3
#> 147   2     8       11   14   79          FALSE              TRUE        3
#> 148   2     9       10   27   50          FALSE             FALSE        1
#> 149   2    10       11   55   71          FALSE              TRUE        1
#> 150   3     0        8    4   12          FALSE             FALSE        8
#> 151   3     0       10    5   51          FALSE             FALSE       10
#> 152   3     0       11    6   49          FALSE              TRUE       11
#> 153   3     0        8    7   94          FALSE             FALSE        8
#> 154   3     0       11    8   18          FALSE              TRUE       11
#> 155   3     0        2    8   39          FALSE             FALSE        2
#> 156   3     0       11    9   86          FALSE              TRUE       11
#> 157   3     0       11   10   71          FALSE              TRUE       11
#> 158   3     0        8   10   78          FALSE             FALSE        8
#> 159   3     0        5   11   55          FALSE             FALSE        5
#> 160   3     0       11   11   88          FALSE              TRUE       11
#> 161   3     0        1   13   66          FALSE             FALSE        1
#> 162   3     0       11   14   41          FALSE              TRUE       11
#> 163   3     0       11   15   38          FALSE              TRUE       11
#> 164   3     0        8   16   99          FALSE             FALSE        8
#> 165   3     0        8   17   80          FALSE             FALSE        8
#> 166   3     0       11   18   79          FALSE              TRUE       11
#> 167   3     0       11   20   32          FALSE              TRUE       11
#> 168   3     0       10   21   92          FALSE             FALSE       10
#> 169   3     0        1   22   27          FALSE             FALSE        1
#> 170   3     0        9   22   37          FALSE             FALSE        9
#> 171   3     0       11   23   33          FALSE              TRUE       11
#> 172   3     0        1   24   43          FALSE             FALSE        1
#> 173   3     0        5   24   56          FALSE             FALSE        5
#> 174   3     0       11   25   42          FALSE              TRUE       11
#> 175   3     0       11   25   78          FALSE              TRUE       11
#> 176   3     0       11   27   59          FALSE              TRUE       11
#> 177   3     0       11   27   67          FALSE              TRUE       11
#> 178   3     0       11   32   73          FALSE              TRUE       11
#> 179   3     0       11   33   69          FALSE              TRUE       11
#> 180   3     0        7   34   85          FALSE             FALSE        7
#> 181   3     0       11   36   56          FALSE              TRUE       11
#> 182   3     0        1   38   39          FALSE             FALSE        1
#> 183   3     0        5   44   54          FALSE             FALSE        5
#> 184   3     0        2   45   48          FALSE             FALSE        2
#> 185   3     0       11   45   69          FALSE              TRUE       11
#> 186   3     0       10   47   74          FALSE             FALSE       10
#> 187   3     0       11   49   58          FALSE              TRUE       11
#> 188   3     0       11   49   88          FALSE              TRUE       11
#> 189   3     0       11   50   81          FALSE              TRUE       11
#> 190   3     0       11   53   80          FALSE              TRUE       11
#> 191   3     0        8   57   64          FALSE             FALSE        8
#> 192   3     0       11   59   75          FALSE              TRUE       11
#> 193   3     0       11   63   83          FALSE              TRUE       11
#> 194   3     0        4   65   68          FALSE             FALSE        4
#> 195   3     0        6   69   75          FALSE             FALSE        6
#> 196   3     0       11   70   88          FALSE              TRUE       11
#> 197   3     0       11   76   86          FALSE              TRUE       11
#> 198   3     0       11   83   95          FALSE              TRUE       11
#> 199   3     0       11   90   99          FALSE              TRUE       11
#> 200   3     1       10    3   16          FALSE             FALSE        9
#> 201   3     2       11   59   67          FALSE              TRUE        9
#> 202   3     2        7   38   97          FALSE             FALSE        5
#> 203   3     2       11   39   86          FALSE              TRUE        9
#> 204   3     2       11   70   91          FALSE              TRUE        9
#> 205   3     4       11   48   71          FALSE              TRUE        7
#> 206   3     4        7    7   75          FALSE             FALSE        3
#> 207   3     5       11   27   43          FALSE              TRUE        6
#> 208   3     5       11    5   55          FALSE              TRUE        6
#> 209   3     5       11    6   44          FALSE              TRUE        6
#> 210   3     5       11    2   16          FALSE              TRUE        6
#> 211   3     5       11    6   16          FALSE              TRUE        6
#> 212   3     6       11   23   91          FALSE              TRUE        5
#> 213   3     6       11   26   41          FALSE              TRUE        5
#> 214   3     6       11   45   81          FALSE              TRUE        5
#> 215   3     7        9    6   77          FALSE             FALSE        2
#> 216   3     7        9   69   87          FALSE             FALSE        2
#> 217   3     7       11   39   65          FALSE              TRUE        4
#> 218   3     7       11    9   27          FALSE              TRUE        4
#> 219   3     8       11   14   18          FALSE              TRUE        3
#> 220   3     8       11    2   25          FALSE              TRUE        3
#> 221   3    10       11   23   49          FALSE              TRUE        1
#> 222   3    10       11   44   87          FALSE              TRUE        1
#>     edge.id
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